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真夏の羽田空港が突如、冷気に覆われ吹雪が吹き荒れ凍りつくという異常気象に見舞われた。　毎日新報の江戸川由利子は、半年前に出稼ぎに出たまま帰らない父を探して秋田から上京したという治男と上野駅で出会い、美談の記事になると思い彼を連れて会社に戻るが、関デスクには羽田空港の事件が優先だと一蹴されてしまう。

代わりに極寒地への探検経験者に事件についてのヒントをもらって来るよう命じられた由利子は、一年前に南極を訪れた経歴を持つ万城目淳に相談しようと、星川航空を訪れる。万城目は、今回の事件は南極で遭遇した冷凍怪獣ペギラの仕業ではないかと推測する。しかし、関デスクにその事を連絡した由利子だったが、寒波の原因はすでに判明したので、やはり子供の記事を書くようにと言われてしまう。だが、東京上空を暗雲が覆い、その中から姿を現わしたのはやはりペギラだった。

ペギラは南極から北極への大移動の途中に東京を通過しようとしていたのだ。ペギラの出現に東京は氷河期になったかのような大混乱に陥る。ペギラを退治するには、南極のコケから採れるペギミンＨが必要だが、その効果が学会で公認されていないと当局のペギラ対策は二の足を踏んでいた。関デスクは北アルプスにある極地植物研究所に保管されているペギミンＨの入手に万城目の協力を仰ごうとするが電話が不通となり、由利子らと共に星川航空へと急ぎ車を走らせる。一方、星川航空では季節労働者の沢村が混乱に乗じてセスナ機を奪おうと万城目と一平に迫っていた。かつては零戦の名パイロットだったが、今では宝石泥棒に身を落とし、セスナ機で逃亡を図ろうとする沢村。実は彼こそが治男が探し求めていた父親なのであった……。