王立惑星カノンに危機が迫った。ドクター・サイキなる人物が宇宙悪魔ベゼルブを放ち、代々守られてきた命の木を破壊されたくなければ、女王アマテを差し出すように要求してきたのだ。同じ頃、ウルトラマンオーブとして覚醒したガイと彼の盟友・ジャグラス ジャグラーがベゼルブの群れを操る悪の根源を探る使命を帯びスターゲートに向かっていた…。（C）円谷プロ

ガイとジャグラーは途上、惑星ルーリンでベゼルブに襲われた少年を助け、さらに怪獣ベムスターとの交戦に入る。一方、惑星カノンでは、女王アマテに流れる王家の血を提供してくれればベゼルブの群れを撤退させるというサイキの提案がもたらされていた。葛藤する女王。そしてその夜、女王を守る近衛隊を率いるシンラ隊長がベゼルブの持つ毒が仕込まれた採血器具で女王を殺そうとする事件が発生する…。（C）円谷プロ

ガイとジャグラーは、女王アマテを襲撃して逃走を図ったシンラを追うカノン近衛隊のリッカ、ミコットと出会う。惑星カノンの危機にベゼルブや巨悪が関係すると知ったガイたちは、彼女たちに協力を申し出る。そして、宇宙の異変を察知して、ウルトラマンダイナ＝アスカやウルトラマンコスモス＝ムサシも行動を開始する。そんな中、女王アマテは彼女に潜在する力で戦線に立って欲しいという防衛軍の要求に対し、苦悩していた…。（C）円谷プロ

惑星カノンでベゼルブに襲われ、危機に陥ったウルトラマンオーブを救ったのは、ウルトラマンダイナだった！　ベゼルブを倒し、ガイやアスカ、ジャグラー、リッカたちはサイキの研究施設に突入。そこには女王アマテを案じるがゆえにカノン防衛軍によって汚名を着せられたシンラがいた。シンラの無実を本国へ知らせようとしたリッカたちを庇い、ジャグラーがベゼルブに襲われる…。（C）円谷プロ

女王アマテは、アスカの要請を受けて惑星カノンにやってきたムサシから、サイキは女王アマテが血によって変身する戦(いくさ)神(がみ)の力を利用することを企んでいると教えられる。同じ巨人として戦う存在であるムサシのいたわりの言葉に芽生える女王の想い…。自らの力を受け止め、争いを厭う気持ちを抑えて女王アマテは遂に戦神として戦線に立つ！　女王の心の痛みを感知したガイは女王を助けようと戦場へと急行する…。（C）円谷プロ

襲い来るベゼルブたちに、戦神が立ち向かっていく。その様子を満足げにうかがうサイキ、そしてクイーンベゼルブ…。ガイはオーブとなって戦神を助けようとするが、アスカに止められる。女王は攻撃ではなく、あくまで民を守る「防御の一心」で戦線に立ったのだというムサシの言葉に、一同はただ戦いを見守るしかない。その時、戦神は平和的解決のため、クイーンベゼルブとの対話を始める…。（C）円谷プロ

対話に応じると見せかけ、戦神に強力な毒を流し込むサイキ。戦神を救ったのは、命の木の果実、その種だった。オーブ、ダイナ、ジャグラーたちの奮戦で、戦神を苦しめる毒が浄化されていく。その様に安心した一瞬の隙に、ベゼルブの爪がミコットを襲う！　自分を慕っていたミコットの惨劇を前に、ジャグラーの心が激しく掻き乱される…。（C）円谷プロ

ベゼルブの毒を浄化する種を宿す命の木を悪に渡すまいと、戦神は光線を放って命の木を消滅させる。計画の失敗を嘆くサイキだが、太陽系第三惑星・地球に、遺跡から発掘されて急成長する命の木の反応を感知、急行する。女王アマテと深い精神感応で結ばれていた地球の青年、翔平に地球の危機が知らされる。事態の推移に驚くしかない翔平の前に、地球の意思に導かれ、ウルトラマンガイア＝高山我夢が姿を現す…。（C）円谷プロ

地球を舞台に、ウルトラヒーローたちとベゼルブ軍団との激闘が開始される。その戦いの中に、心に闇を抱えるジャグラーの姿も…。地球の危機を知って駆け付けた女王アマテと翔平が感じる悲しみ。それはサイキに操られるクイーンベゼルブの心の痛みを感じるゆえではないかと考えたガイは、真相を明らかにするべく、サイキの元に乗り込んでいく。ガイを前に、サイキは宇宙を平和に統治せんとする計画の全貌を語り出す…。（C)円谷プロ

生物から自由意思を奪った、思考の停止した平和な世界。それがサイキの理想だった。意思を持たないこと自体が地獄だと怒りに震えるガイ、そしてジャグラー。サイキがガイたちの前から逃走を図った頃、命の木の倒壊作戦が進められていた。妨害のため襲ってきたベゼルブ軍団を襲う地球人類の攻撃。それに苦しむクイーンベゼルブの姿に涙した女王アマテは、いま一度戦神となってクイーンとの対話を成し遂げようとする…。（C）円谷プロ

女王アマテの想いを利用したクイーンベゼルブの罠に嵌り、意思を奪う毒が戦神を襲う！それを庇ったウルトラマンオーブまで毒に苦しむ！このままでは戦神に流される高濃度の毒が増幅し、やがて爆裂して宇宙全体に飛び散る。全ての生き物が自分の意思を失う地獄がやってくる！決死でこの危機に立ち向かうウルトラマンオーブ、ガイア、アグル。彼らを前に、ジャグラーの叫びが轟く…。（C)円谷プロ

サイキが宇宙の統治者となるべく、クイーンベゼルブと量子結合して誕生した最悪の大怪獣サイクイーン。強大なる敵を前に、ウルトラマンダイナ、コスモスも駆けつけ、宇宙の命運を懸けた超弩級のバトルが開始される！　ジャグラーも、女王アマテを想うシンラ、翔平も、決死の覚悟でサイクイーンに挑み、毒に苦しむ戦神を救い出そうと奮戦する。全てのカギを握る命の木の果実はどこに？　真の平和を願う人々の想いは叶うのか…。（C)円谷プロ